分子和原子是兩種用肉眼看不見的粒子，也是認識微觀世界的兩個重要概念。同學們在學習時容易產生一些不正確的認識。現舉例分析如下，供同學們參考。
　　誤區1 物質都是由分子構成的
　　［分析］物質并不都是由分子構成的。分子只是構成物質的一種粒子，除分子外，構成物質的粒子還有原子、離子等。
　　誤區2 分子既能保持物質的物理性質，又能保持物質的化學性質
　　［分析］物質的物理性質，如熔點、沸點、密度、硬度等都是該物質大量分子的聚集體所表現出來的屬性，并不是單個分子所能表現出來的。例如，單個的分子就不能用固態、液態或氣態來描述，但同種物質的每一個分子都有相同的化學性質。因此，分子不能保持物質的物理性質，只能保持物質的化學性質。
　　誤區3 原子一定是由質子、中子和電子構成的
　　［分析］原子是由居于原子中心的原子核和核外電子構成的，絕大多數原子的原子核都是由質子和中子構成的，但相對原子質量為1的氫原子的原子核內只有1個質子而無中子。
　　誤區4 在原子中，質子數一定等于中子數
　　［分析］在原子中，質子帶正電荷，電子帶負電荷，整個原子不顯電性，故有質子數＝核電荷數＝核外電子數，但質子數不一定等于中子數。如碳原子的質子數、中子數、核外電子數都是6，而鈉原子的質子數、核外電子數都是11，但中子數卻是12.
　　誤區5 原子比分子小
　　［分析］原子不一定比分子小。分子與構成這種分子的原子相比，分子比原子大，如氧分子一定比氧原子大；但如果分子與其他原子相比，則分子有可能比原子小，如氧分子就比汞原子小。
　　誤區6 分子能再分，原子不能再分
　　［分析］分子和原子的分與不分，是以化學變化為前提條件的。如果離開這一前提條件，則分子、原子都是可以分割的。分子可以分成原子，而原子又可以分成質子、中子和電子等。
　　誤區7 分子和原子的根本區別是：分子能保持物質的化學性質，而原子不能
　　［分析］分子能保持物質的化學性質，但如果某物質是由原子直接構成的，則該物質的化學性質應由原子保持。因此，能否保持物質的化學性質不能用來區別分子和原子。分子和原子的根本區別是：在化學反應中，分子能再分，而原子不能再分。