自學考試考生自通過本科畢業論文的登記審核，即進入到畢業論文的寫作程序當中來。
在進行登記時，會告訴每個專業的考生，在規定的時間去指定的地點聽論文的講座。在講座上，高校主管該專業論文的老師會和大家見面，并根據大家的選題方向，將考生分配到有關的教研室，然后由教研室具體指派導師。
導師確定后，考生應及時、主動地與自己的導師取得聯系，并盡快安排第一次見面。而在見面前這段時間，考生應積極地準備自己的論文，盡量收集材料，形成論文的基本寫作思想和提綱，這樣見到導師后，才能與導師形成交流，導師也才能有的放矢的加以指導。
一般說，導師會給考生提出一些參考書或資料請考生借鑒，對考生提出的論文寫作提綱也會進行一些調整和修改。然后考生應按照導師的要求完善自己的論文。在論文從提綱到成稿的過程中，一般要有多次反復。考生應該虛心接受導師的指導，認真地對自己的論文進行修改和完善。
論文最后由導師確定定稿。定稿后的論文，考生應將其打印多份，為論文答辯做準備。需要指出的是，論文的寫作是有時間限制的，12月底登記的考生，應在5月上旬完成論文的定稿；而6月底登記的考生，則應在11月上旬完成。論文定稿后，由系里組織進入論文答辯的程序中。
論文答辯的程序基本由三項組成：首先考生簡單地闡述論文的寫作動機、內容梗概和基本的觀點；然后答辯小組成員就考生論文內容進行提問；如果答辯小組認為必要，還會對涉及論文的專業范圍內的其他問題加以提問。這些提問都需要考生認真加以回答，并會影響到考生的論文成績。
考生通過論文答辯后，其本科論文即告完成。如果順利通過，考生就應該準備本科畢業了。